La historia de Écija es tan amplia como su riqueza artística. La fundación de la ciudad se sitúa hacia el siglo VIII antes de Cristo, en el ámbito de la civilización tartésica. Hasta la conquista romana, hacia el 200 a. C., se trató probablemente de un pequeño poblado turdetano de cabañas, emplazado en la ligera elevación junto al río Genil conocida hoy como Cerro del Alcázar o de San Gil (“El Picadero”).

Hacia el 14 a. C., en época de Augusto, se fundó junto a ese poblado la Colonia Augusta Firma Astigi, que fuera capital de uno de los cuatro "conventos jurídicos" de la provincia romana de la Bética y una de las más importantes ciudades de Hispania. A su importancia estratégica sobre la Vía Augusta y junto al cauce del Genil o Singilis, antiguamente navegable hasta la ciudad, se unía la preeminencia de Astigi en el sistema de producción y exportación a larga distancia del aceite de oliva por todo el Imperio romano.

Desde entonces ha sido una de las principales ciudades de la actual Andalucía: por ejemplo, fue sede sede episcopal entre los siglos VI y XI, capital de provincia en el Emirato y Califato de Córdoba y ciudad de realengo desde la Baja Edad Media.

La población actual se encuentra asentada sobre la vieja ciudad romana: es frecuente encontrar restos romanos de importancia y magníficos mosaicos, al igual que yacimientos arqueológicos de todas las épocas en su extenso término municipal, de casi 1.000 km².

Durante el periodo de al-Ándalus el nombre evolucionó en Istiya o Astiya, y la población fue siempre considerada como "ciudad rica", entre otras razones por la facilidad de regadío proporcionada por el río Genil. Uno de los sobrenombres árabes de la Écija andalusí era Madinat al-qutn, "la ciudad del algodón". De esta época data el recinto amurallado, con torres albarranas a la manera de las fortificaciones almohades.

Siendo ciudad hispano-visigoda, tuvo vital importancia, cuando desembarcaron las primeras tropas musulmanas de manos del lugarteniente Tarik. Tras la batalla del Guadalete, hubo otra resistencia de partidarios del rey visigodo Rodrigo en Ecija, por el cual tuvieron un enfrentamiento en los que hoy es conocido como la fuente de los cristianos. Una vez vencidos los musulmanes no tuvieron alguna resistencia mas, y tomaron Córdoba y tras ella Toledo.

La conquista castellana fue llevada a cabo por Fernando III en 1240. Tras la conquista se instalaron en Écija numerosas e ilustres familias castellanas. La fertilidad de la comarca y su nueva posición fronteriza con el reino de Granada hicieron posible un notable desarrollo económico y social.

Enrique III le concedió fuero propio en 1402. Los primeros gremios se organizan a partir del siglo XVI y alcanzan su máximo esplendor en el XVIII. Debe mencionarse la importancia que adquiere en la comarca de Écija la cría de caballos de pura raza española, anglo-árabe e hispano-árabe, actividad que se mantiene en la actualidad.

Su desarrollo económico se refleja en la gran cantidad de construcciones religiosas y civiles comprendidas entre los siglos XII y XVIII. El siglo XVIII es considerado el "siglo de Oro ecijano", debido a su riqueza económica y artística. En 1755 las torres de la ciudad fueron dañadas por los efectos del terremoto de Lisboa.

Écija esta considerada como la "ciudad más barroca de Andalucía", gracias a los principalmente al anteriormente destacado "siglo de oro", de hecho fue tal la influencia de este arte en las construcciones de la época, que se llegó a crear el llamdo "barroco ecijano", del cual existen evidentes muestras en edificios eclesiásticos y de la alta burguesía.

Durante la guerra de la Independencia, las iglesias de Écija sufrieron los saqueos del ejército francés.

La ciudad fue declarada Conjunto Histórico-Artístico en el año 1966.